Hoeveel van wat we weten over eiwitten in ons lichaam berust maar op één bewijsstuk?
Twee eiwitten die met elkaar samenwerken in je lichaam: dat lijkt een simpel, hard feit. Maar hoe zeker is dat feit eigenlijk? Een nieuwe analyse laat zien dat een groot deel van deze "feiten" in een veelgebruikte database maar op één onderzoek berust. Dat is minder solide dan je zou hopen.
Eiwitten zijn de werkpaarden van je cellen. Ze doen bijna al het werk: van zuurstof vervoeren tot spieren laten bewegen. Vaak werken eiwitten niet alleen, maar samen met andere eiwitten, als een soort duo. Wetenschappers houden al deze bekende "duo's" bij in grote databases. Een van de belangrijkste heet BioGRID.
Het probleem is dat BioGRID geen onderscheid maakt in kwaliteit van bewijs. Een eiwit-koppel dat één keer is gevonden in een snel, grofmazig experiment (een zogeheten "high-throughput screen", een test waarbij duizenden eiwitten tegelijk grofweg worden gescand) staat in de database precies zo vermeld als een koppel dat twintig verschillende laboratoria, met twaalf verschillende soorten testen, hebben bevestigd. Beide krijgen dezelfde regel in het bestand. Programma's die deze data gebruiken om netwerken te tekenen, laten dus elk verband zien als even betrouwbaar, ook al is dat helemaal niet zo.
Een tool die bewijs weegt in plaats van telt
Een onderzoeksteam bouwde daarom een nieuwe versie van een bestaand visualisatieprogramma, genaamd ProLiVis 2.0. Dit programma doet iets slims: het geeft elk gerapporteerd eiwitverband een vertrouwensscore, gebaseerd op zeven verschillende factoren. Een van die factoren is hoeveel onafhankelijke laboratoria het verband hebben bevestigd.
Dat "onafhankelijk" is cruciaal. Het programma kijkt niet alleen naar het aantal publicaties, maar clustert die publicaties op gedeelde instituten. Vijf publicaties van dezelfde onderzoeksgroep zijn namelijk geen vijf onafhankelijke bevestigingen, maar eigenlijk maar één stem die vijf keer klinkt.
De onderzoekers testten hun programma op data over SARS-CoV-2, het virus dat covid-19 veroorzaakt. De uitkomst is opvallend: van de 34.540 gerapporteerde eiwitinteracties rust 70 procent, precies 24.344 stuks, op slechts één publicatie. Verhoog je de betrouwbaarheidsdrempel iets, dan blijven er nog 11.320 interacties over die aan die strengere eis voldoen.
Wat betekent dit (nog) niet
Dit betekent niet dat al die 24.344 interacties fout zijn. Het betekent alleen dat ze nog niet onafhankelijk zijn bevestigd door ander onderzoek. Sommige zullen bij verder onderzoek gewoon blijken te kloppen. Het gaat hier ook om cijfers uit één specifieke database, gericht op één virus. Of dit percentage ook geldt voor andere delen van BioGRID of voor andere eiwit-databases, is nog niet onderzocht.
Waarom is dit belangrijk? Wetenschappers, artsen en medicijnontwikkelaars gebruiken deze databases dagelijks om te bepalen welke eiwitten interessant zijn om verder te onderzoeken, bijvoorbeeld voor nieuwe medicijnen. Als zo'n groot deel van de "bekende feiten" in werkelijkheid op wankele grond staat, is het goed om dat te weten voordat je er verstrekkende conclusies op baseert. Het nieuwe programma maakt dat verschil in bewijskracht voor het eerst goed zichtbaar, in plaats van dat alle verbanden even zeker ogen.
Het programma draait bovendien volledig in de webbrowser, zonder installatie en zonder dat er data wordt geüpload naar een externe server. Dat maakt het laagdrempelig voor onderzoekers om zelf te checken hoe stevig het bewijs achter een bepaald eiwitverband eigenlijk is.